处理蒸汽发生器的垢层沉积问题，可以采取以下措施：

定期清洗：定期对蒸汽发生器进行清洗，清除水垢和沉积物，保持设备的清洁和热效率。

化学除垢：使用化学清洗剂对蒸汽发生器进行清洗，将水垢和沉积物溶解并排出。

机械除垢：使用机械清洗设备对蒸汽发生器进行清洗，如高压水射流清洗等，清除水垢和沉积物。

需要注意的是，不同的垢层沉积物需要采用不同的清洗方法和清洗剂，因此在进行清洗前需要了解垢层的成分和性质，选择合适的清洗方法和清洗剂。

同时，清洗过程中需要注意安全，避免对设备和人员造成伤害。

其实最好的办法是从源头减少垢层沉积问题，可以配套水处理系统，提高水的品质，减少垢层的产生。